Deficyt wody odnotowany w Krakowie z początkiem lat 50, stawał się coraz bardziej odczuwalny dla mieszkańców. Z uwagi na rosnące zanieczyszczenie Wisły i coraz bardziej oczywistą konieczność odciążenia Zakładu Uzdatniania Wody Bielany, Kraków stanął przed koniecznością znalezienia alternatywnego źródła wody.

Po przeprowadzeniu wnikliwych analiz hydrologicznych, wybór padł na rzekę Rudawę - lewobrzeżny dopływ Wisły. Ujęcie zaprojektowali inżynierowie z Centralnego Biura Projektów Budownictwa Komunalnego w Krakowie - Kazimierz Dohnalik i Mieczysław Duma. Budowa ruszyła w kwietniu 1954 roku, a po upływie zaledwie 15 miesięcy, dnia 30 września 1955 roku oddano do eksploatacji jeden z pierwszych tego typu obiektów w powojennej Polsce, nowoczesny Zakład Uzdatniania Wody Rudawa. Wydajność zakładu wynosiła 55 000 m³/dobę, a technologia uzdatniania została oparta na nowej wówczas metodzie koagulacji siarczanem glinu oraz filtracji na filtrach pospiesznych.

Po kilku latach funkcjonowania, ze względu na rosnące zapotrzebowanie aglomeracji na wodę pitną, ale także problemy jakie napotkano w związku z zastosowaną nową technologią, zaplanowano rozbudowę zakładu i zwiększenie jego wydajności o połowę. Modernizację przeprowadzono w latach 1964 - 1965.

W latach 70. utrzymanie ciągłości pracy zakładu stawało się coraz trudniejsze z powodu zanieczyszczenia wód Rudawy przez okoliczne zakłady przemysłowe oraz ścieki komunalne z miejscowości Krzeszowice. Mimo to, podczas poważnego deficytu wody, wobec którego stanął Kraków z początkiem lat 80., to właśnie na Zakładzie Uzdatniania Wody Rudawa spoczął główny ciężar zapewnienia miastu nieprzerwanych dostaw wody. Dobowa produkcja w tamtym okresie mocno nadwyrężała możliwości zakładu, przekraczając poziom 100 000 m³.

Ratunek przyszedł w 1986 roku, kiedy uruchomiono ujęcie wieżowe na Zbiorniku Dobczyckim, odciążając w ten sposób nadszarpniętą zdolność produkcyjną zakładu. Przywrócenie produkcji do wartości wyjściowej stworzyło warunki do przeprowadzania kolejnej modernizacji, dzięki której uzyskano znacznie wyższy poziom niezawodności urządzeń technologicznych, a co za tym idzie, poprawiły się znacząco parametry uzdatnianej wody. Począwszy od 1992 roku, jakość wody pobieranej z Rudawy jest stale kontrolowana przez stację osłonową. Przesyłanie danych online do laboratorium na terenie zakładu  umożliwia szybszą korektę procesu uzdatniania.

Zakład Uzdatniania Wody Rudawa był pierwszym w Polsce, na którym wprowadzono zmianę metody dezynfekcji – rezygnacja z dotychczas wykorzystywanego chloru gazowego i zastąpienie go w 1993 roku dwutlenkiem chloru, w niebagatelnym stopniu wpłynęła na poprawę właściwości organoleptycznych wody.

W następnych latach zakład był sukcesywnie rozbudowywany i modernizowany, aby jego możliwości mogły sprostać kapryśnej Rudawie. Duża dynamika zmian parametrów fizykochemicznych i ryzyko wystąpienia incydentalnych zanieczyszczeń wody ujmowanej wymagały nie tylko dostosowania procesu technologicznego, ale także zabezpieczenia na ciągłości dostaw na wypadek konieczności wstrzymania poboru. I tak, w 1997 roku oddano do użytku nowo wybudowane zbiorniki retencyjne o pojemności 755 000 m³ w Podkamyczu. Zmieniono również funkcjonalność ujęcia na jazie w Mydlnikach na rezerwową, a głównym ujęciem wody zostało, po gruntownej modernizacji, ujęcie w Szczyglicach.

Obecnie Zakład Uzdatniania Wody Rudawa pracuje w oparciu o początkową wydajność, z powodzeniem zaopatrując w wodę północno-zachodnią część Krakowa.