Karierę zawodową rozpoczął w 1990r. jako pracownik naukowo-dydaktyczny w Zakładzie Badań Operacyjnych Akademii Ekonomicznej w Krakowie. W latach 1996 – 1997 pełnił funkcję Analityka Oceny Ryzyka Kredytowego w Big Bank S.A. Następnie objął stanowisko Dyrektora ds. Finansowych w Agencji Rozwoju Miasta S.A., a później funkcję Wiceprezesa Zarządu, którą pełnił do roku 2002. W kolejnych latach zasiadał w zarządach spółek, takich jak: Miejski Zakład Torów Sieci i Podstacji Trakcyjnych Sp. z o.o. (2001), Spółdzielnia Mieszkaniowa LIPSKA w upadłości (2003 – 2014),  International Management Services Sp. z o.o. (2002 – 2022), DAGNUS Sp. z o.o., wcześniej Euro Innopark Sp. z o.o. (2011-2017).

Ponadto Mariusz Szubra w latach 1999 – 2022 zasiadał w radach nadzorczych spółek takich jak: ZUE S.A. (od 2017 roku także Przewodniczący Komitetu Audytu ZUE S.A.), Miejskie Przedsiębiorstwo Energetyki Cieplnej S.A., Zakład Usług Specjalistycznych MPWiK Sp. z o.o. (od 1 września 2014r. w likwidacji), Jałowcowa Góra Sp. z o.o., Polska Agencja Prasowa S.A., Zakład Komunikacji Miejskiej Sp. z o.o. w Gdańsku, Miejski klub Sportowy CRACOVIA S.A., Miejski Zakład Torów, Sieci i Podstacji Trakcyjnych Sp. z o.o., Zajezdnia Św. Wawrzyńca Sp. z o.o.

Z Wodociągami Miasta Krakowa S.A. związany od roku 2009. Pracę w Spółce rozpoczął na stanowisku Zastępcy Dyrektora ds. Ekonomiczno-Finansowych, w latach 2011 - 2019 pełnił funkcję Pełnomocnika Zarządu ds. Modelowania Finansowego, następnie Dyrektora ds. Kontroli Finansowej. Stanowisko Członka Zarządu objął 4 czerwca 2022 roku.

Mariusz Szubra jest absolwentem Akademii Ekonomicznej w Krakowie (obecny Uniwersytet Ekonomiczny). W 2007 roku ukończył kurs „Zarządzania Projektami – wiedza z obszaru nowoczesnego zarządzania”, uzyskując certyfikat Praktyka Zarządzania Projektami organizacji IPMA (International Project Management Association). Posiada uprawnienia do zasiadania w Radach Nadzorczych.

W trakcie ponad trzydziestoletniej pracy zawodowej nabył i ugruntował wiedzę oraz doświadczenie z zakresu funkcjonowania spółek prawa handlowego, zarządzania, procesów kontroli finansowej. Systematycznie uzupełniał wiedzę specjalistycznymi kursami i szkoleniami związanymi m.in. z planowaniem strategicznym, rachunkowością zarządczą, budżetowaniem i zarządzaniem centrami kosztów, sporządzaniem wniosków taryfowych, zasadami finansowania budowy infrastruktury technicznej, nowymi sposobami i źródłami finansowania sektora publicznego, wyceną wartości spółek i grupy kapitałowej.