Oczyszczalnia Ścieków Kujawy została zbudowana w 1999 roku (I etap) w celu obsługi niezależnego systemu kanalizacji ogólnospławnej Nowej Huty oraz aby wspomóc Oczyszczalnie Ścieków Płaszów.

Ze względu na umieszczenie „Kujaw” na niechlubnej liście tzw. „gorących punktów” (hot spots), ujętych w Konwencji Helsińskiej, w 2001 roku rozpoczęto II etap budowy, m.in. rozbudowano trzecią nitkę technologiczną. Dzięki oddaniu do eksploatacji unowocześnionej oczyszczalni ścieków w 2002 roku, możliwe było skreślenie  oczyszczalni z listy hot spots w 2003 r.

Bardziej rygorystyczne wymagania dotyczące ochrony środowiska, a także chęć poprawy komfortu życia Krakowian, zaowocowały w latach 2013-2015, modernizacją i rozbudową zakładu, w ramach projektu unijnego. Obecnie jest to mechaniczno-biologiczna oczyszczalnia spełniająca wszystkie obowiązujące normy. Zakład oczyszcza ścieki komunalno-bytowe od 250 tys. mieszkańców, a odbiornikiem ścieków oczyszczonych jest rzeka Wisła.